90年代至2007年
1994年，南非廢除種族隔離制度，5月9日，納爾遜·曼德拉當(dāng)選總統(tǒng)，翌日，曼德拉作為種族隔離后的第一位黑人總統(tǒng)宣誓就職 。尼日利亞也在同年與南非建立了外交關(guān)系 。
然而，尼日利亞卻開始遭到國際社會排斥 。
1995年11月10日，因揭露殼牌公司在其家鄉(xiāng)奧格尼地區(qū)造成的嚴(yán)重生態(tài)破壞，尼日利亞肯·薩羅-維瓦（Ken Saro-Wiwa）等八名奧格尼活動家因莫須有的罪名被處死 。這一悲劇事件也將尼日利亞薩尼·阿巴查獨裁政權(quán)推上了風(fēng)口浪尖 。1995年11月11日，在新西蘭奧克蘭舉行的英聯(lián)邦國家會議取消了尼日利亞的參會資格 。與此同時，尼日利亞與各國關(guān)系也不斷僵化 。阿巴查政權(quán)勒令尼日利亞足球隊超級雄鷹（Super Eagle--衛(wèi)冕冠軍），退出1996年在南非舉行的第20屆非洲國家杯 。
1998年6月8日，獨裁掌權(quán)者阿巴查突然去世，國防部長阿布巴卡爾接任，他審時度勢，決定重回奧巴桑喬“還政于民”之路，并承諾，實現(xiàn)文官統(tǒng)治（此前一直是軍政府）后將不再干涉，立即獲得國民熱烈歡迎，而尼日利亞與南非兩國之間的關(guān)系也有所緩和 。阿布巴卡爾還訪問南非，這場和解之旅標(biāo)志著兩國關(guān)系進入了一個新時代 。
1999年2月27日，奧巴桑喬再次贏得總統(tǒng)選舉，為尼日利亞乃至非洲的民主做出巨大貢獻，尼日利亞重獲新生 。同年6月2日，曼德拉的副手塔博·姆貝基（前文提到過，與尼日利亞有淵源）贏得大選，于14日正式成為南非共和國第二任總統(tǒng) 。
奧巴桑喬政府和姆貝基政府，尼日利亞和南非的關(guān)系不斷升溫 。1999年10月，兩國成立了雙民族委員會（BNC），目的是加強尼日利亞和南非之間的政治、經(jīng)濟和貿(mào)易溝通 。2000年5月，兩國更進一步，成立了尼日利亞-南非商會（NSACC），致力于促進雙邊貿(mào)易 。
從2000年9月30日至10月4日，姆貝基總統(tǒng)對尼日利亞進行了國事訪問（這是后種族隔離時代南非國家元首首次對尼進行國事訪問），4日，姆貝基出席了尼日利亞的第40個獨立日慶?；顒樱⒃谀戏?尼日利亞商業(yè)論壇和尼日利亞國際事務(wù)研究所（NIIA）發(fā)表講話 。
與此同時，兩國貿(mào)易交流也在不斷加深，從1999年到2007年，兩國貿(mào)易金額從18億蘭特激增至近110億蘭特 。
奧巴桑喬和姆貝基極大地促進了兩國關(guān)系良好發(fā)展，然而，一件導(dǎo)致兩國關(guān)系僵化的事情發(fā)生了 。2004年，某約翰內(nèi)斯堡（南非）廣播電臺的兩位主持人在討論兩國關(guān)系時以調(diào)侃的方式損害了奧巴桑喬的名譽 。這兩位主持人稱奧巴桑喬總統(tǒng)（2004年4月27日在南非參加塔博-姆貝基總統(tǒng)的第二任期就職典禮）的行李中可能有可卡因，后兩人向奧巴桑喬及尼日利亞鄭重道歉 。
2005年，聯(lián)合國有意增加常任理事國席位，非洲三巨頭——尼日利亞、南非、埃及——都有意角逐，競爭關(guān)系也讓兩國關(guān)系產(chǎn)生了微妙的變化 。但總體來說，1999年至2007年的兩國關(guān)系無疑是"黃金時代" 。
21世紀(jì)至今
進入21世紀(jì)以來，南非與各國關(guān)系都不斷僵化，因其境內(nèi)時常發(fā)生排外暴力事件，其中也包括尼日利亞 。
2008年5月11日，南非豪登省發(fā)生排外暴力事件，當(dāng)?shù)乇┟駥碜越虬筒柬f、莫桑比克、馬拉維、索馬里等國家的移民進行了搶劫、燒殺、強奸等罪行，持續(xù)近兩周，已造成近百人死亡，2萬人流離失所，無數(shù)受害者受傷，財產(chǎn)被搶 。警方逮捕了500余人 。數(shù)十家尼日利亞企業(yè)成為襲擊的目標(biāo) 。
而暴力事件起因是襲擊者認(rèn)為外國移民導(dǎo)致犯罪增加，并搶走了本地人的就業(yè)機會 。南非當(dāng)局承認(rèn)，這是該國隔離時代結(jié)束以來，發(fā)生的最嚴(yán)重的城鎮(zhèn)暴亂 。

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