1、行政級(jí)別不同：自治州是中華人民共和國(guó)行政區(qū)劃之一，行政區(qū)劃級(jí)別與地級(jí)市、地區(qū)、盟相同，屬地級(jí)行政區(qū)，由省、自治區(qū)管轄；而自治縣是中國(guó)行政區(qū)劃之一，行政區(qū)劃級(jí)別與市轄區(qū)、縣級(jí)市、縣、特區(qū)相同，屬縣級(jí)行政區(qū)，通常由地級(jí)市、地區(qū)、自治州、直轄市管轄，也有少部分自治縣由省直接管轄 。
2、數(shù)量不同：中國(guó)共計(jì)30個(gè)自治州；而自治縣卻有117個(gè) 。我國(guó)現(xiàn)有內(nèi)蒙古自治區(qū)、廣西壯族自治區(qū)、西藏自治區(qū)、寧夏回族自治區(qū)、新疆維吾爾自治區(qū)五個(gè)自治區(qū)；自治州下轄縣、自治縣和縣級(jí)市，中國(guó)共計(jì)30個(gè)自治州；中國(guó)共計(jì)117個(gè)自治縣 。
3、立法審批機(jī)關(guān)不同 。自治區(qū)的自治條例和單行條例，報(bào)全國(guó)人民代表大會(huì)常務(wù)委員會(huì)批準(zhǔn)后生效，自治州、自治縣的自治條例和單行條例，報(bào)省、自治區(qū)、直轄市的人民代表大會(huì)常務(wù)委員會(huì)批準(zhǔn)后生效 。
自治州，是中國(guó)行政區(qū)劃之一，行政地位與地級(jí)市、地區(qū)、盟相同，屬地級(jí)行政區(qū)，由省、自治區(qū)管轄，是中國(guó)在少數(shù)民族聚居地設(shè)立的地級(jí)民族自治地方 。
自治縣，是中國(guó)行政區(qū)劃之一，行政地位與市轄區(qū)、縣級(jí)市、縣、旗、自治旗、特區(qū)、林區(qū)相同，屬縣級(jí)行政區(qū)，通常由直轄市、地級(jí)市、地區(qū)、自治州管轄或由省直接管轄，管轄鄉(xiāng)級(jí)行政區(qū)，是中國(guó)在少數(shù)民族聚居地設(shè)立的縣級(jí)民族自治地方 。
自治州和自治縣都屬于自治制度的作用，具有很大的意義：我國(guó)的國(guó)家結(jié)構(gòu)形式是單一制的，在單一制下，實(shí)行民族區(qū)域自治制度，這是新中國(guó)在政治制度上的一個(gè)創(chuàng)造 。它正確地處理了我國(guó)各民族之間的關(guān)系，維護(hù)了國(guó)家統(tǒng)一和民族團(tuán)結(jié) 。

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