食用菌雖然種類很多，但是栽培程序基本是一樣的，即培養(yǎng)料制備→滅菌或發(fā)酵→接種→發(fā)菌（有的食用菌需覆土）→出菇（耳）→收獲 。有的種類只出一茬，有的可以出幾茬 。
栽培食用菌的方法主要有生料栽培、發(fā)酵料栽培和熟料栽培 。
所謂生料栽培，就是將培養(yǎng)料加水?dāng)嚢杈鶆蚝蟛辉贉缇虬l(fā)酵而直接接種，然后在適宜環(huán)境條件下發(fā)菌出菇 。目前可以生料栽培的種類只有平菇、草菇和大球蓋菇，其他種類都不能生料栽培 。
發(fā)酵料栽培是將各種原料拌勻后，按一定規(guī)格要求建堆，堆積發(fā)酵，當(dāng)堆溫達(dá)一定要求后，進(jìn)行翻堆，一般要翻3～5次，然后在自然條件下接種，在適宜環(huán)境條件下發(fā)菌出菇 。凡可生料栽培的種類都可進(jìn)行發(fā)酵料栽培 。必須使用這一方法的都是蘑菇屬的各種，如雙孢蘑菇、大肥菇、巴氏蘑菇（姬松茸），草菇、平菇、雞腿菇等也常應(yīng)用此法 。
熟料栽培是指將培養(yǎng)料裝入一定大小的容器，常用塑料袋，然后進(jìn)行常壓或高壓滅菌，將培養(yǎng)料內(nèi)的生物全部殺死 。冷卻后經(jīng)無菌操作接種，在適宜環(huán)境條件下發(fā)菌出菇，如香菇、杏鮑菇、金針菇、木耳、銀耳、白靈菇等都是這樣栽培的 。
此外，一些共生菌類，如松茸、牛肝菌等非腐生菌類，用上述任何方法都不能栽培出菇 。但是由于其美味，市場價(jià)格好，為了增加野生狀態(tài)的采集量，人們進(jìn)行了半人工栽培 。所謂的半人工栽培，就是人工接種在自然發(fā)生的場所，增加菌絲生長量，促使子實(shí)體多發(fā)生 。

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