唐文宗開成五年（840年），回鶻汗國破滅，回鶻部眾除一小部分留在原居住地外，絕大部分被迫進行大遷徙 。分南下與西遷，南下主要分為二支，其中一支奔向河西走廊，與早在武則天時南渡大漠而徙居于河西的回紇部眾聚合 。建牙帳于甘州（今甘肅張掖），被稱為甘州回鶻或河西回鶻 。
咸通二年（872年）在甘州自立可汗，11世紀上半葉為西夏擊敗，后又為蒙古所統(tǒng)治 。他們長期繁衍生息，今甘肅省的裕固族，這一支回鶻人的后裔 。另一支回鶻部眾來到天山以北，以西州（即高昌，今吐魯番盆地）為中心建立起高昌回鶻政權(quán)，史稱西州回鶻或高昌回鶻 。其政權(quán)一直存在到元朝中期，他們與當?shù)馗髯迦嗣窆餐睿瑒趧由?，相互交流，逐漸融合，發(fā)展成為這一部分地區(qū)今天的維吾爾族 。西遷的第三支回鶻人進入中亞地區(qū)，和先于他們進入這一地區(qū)葛邏祿等部匯合 。因其活動于蔥嶺以西，史稱蔥嶺西回鶻 。
宋元時期
在9世紀末到13世紀初，這一支回鶻，聯(lián)合其他突厥語系部落建立政權(quán)，稱為喀喇汗王朝，其極盛時期的疆域包括今塔里木盆地的中部和西部、伊犁河流域和巴爾喀什湖以東、楚河流域和伊塞克湖周圍、錫爾河中游和阿姆河中游的以東地區(qū) 。他們與塔里木盆地的居民在長期生息中逐步發(fā)展為這一地區(qū)的近代維吾爾族 。另一說認為維吾爾族自古就生活在新疆境內(nèi)，后與西遷的回鶻人聚合發(fā)展成近代維吾爾族 。
遼保大四年（1124年）耶律大石率眾西遷，建立”西遼“,轄地包括今新疆及迤西地區(qū)，1218年為屈出律所滅 。1218年蒙古滅乃蠻，其間今新疆的維吾爾族先后受西遼與乃蠻貴族的統(tǒng)治，1234年并入蒙古察合臺汗國 。
明清時期
1371年，明朝洪武四年，察合臺汗國滅亡，新疆境內(nèi)分裂為許多割據(jù)政權(quán) 。
17世紀初，天山南部建立了葉爾羌汗國，與清朝維持著朝貢貿(mào)易關(guān)系 。1678年，康熙十七年，由于白山派和卓勾結(jié)準噶爾蒙古貴族攻入南疆，葉爾羌汗國滅亡 。1757年到1759年，清政府平定了大小和卓叛亂 。乾隆二十七年（1762年）在新疆設(shè)伊犁將軍，實行軍事管制制度，光緒十年（1884年），清政府在新疆正式建省 。
在長期的歷史發(fā)展中，維吾爾族同各族人民一起，為維護祖國統(tǒng)一、反對帝國主義侵略和民族分裂，進行了長期斗爭，進一步加強了抵御侵略的力量 。歷史上維吾爾族的政治家、學者、翻譯家如廉希憲、阿禮海涯、桑哥、安藏、貫云石、魯明善等，都對祖國作過很多有益貢獻 。
民族語言
全民族使用維吾爾語，該語言屬于阿爾泰語系、突厥語族 。歷史上維吾爾族人民曾先后使用過古突厥文、回鶻文、古維吾爾文等 。
這是一個非常著名的能歌善舞的民族，他們有善良淳樸的維吾爾族的美女，也有熱情好客的維吾爾族人民 。

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