1、裸子植物的表面是裸露的，沒(méi)有果皮包被，例如銀杉、水杉等，而被子植物是有果皮包被的，例如我們常吃的蘋果、水蜜桃等 。
2、被子植物在形態(tài)上具有不同于裸子植物所具有的孢子葉球的花；胚珠被包藏于閉合的子房?jī)?nèi)，由子房發(fā)育成果實(shí) 。
3、被子植物的種子生在果實(shí)里面，除了當(dāng)果實(shí)成熟后裂開(kāi)時(shí)，它的種子是不外露的，如蘋果、大豆即被子植物 。裸子植物則不同，它沒(méi)有果實(shí)這一構(gòu)造 。它的種子僅僅被一鱗片覆蓋起來(lái)，決不會(huì)把種子緊密地包被起來(lái) 。在馬尾松的枝條上，會(huì)結(jié)出許多紅棕色尖卵形的松球 。
4、被子植物的主要特征是：具有根、莖、葉、花、果實(shí)、種子六種器官，種子不裸露，外面有果皮包被；裸子植物的主要特征是：具有發(fā)達(dá)的根、莖、葉，種子裸露，沒(méi)有果皮包被，裸子植物沒(méi)有花、果實(shí)這兩個(gè)器官 。
5、裸子植物除少數(shù)類群外，均具有雙黃酮類化合物，常見(jiàn)的有穗花杉雙黃酮、西阿多黃素、銀杏黃素、枯黃素、榧黃素等 。黃酮類化合物則普遍存在，常見(jiàn)的有懈皮素、山奈酚和楊梅樹(shù)皮素等 。
而人類的大部分食物和營(yíng)養(yǎng)來(lái)源于被子植物，不是直接地通過(guò)農(nóng)作物或園藝作物如谷類、豆類、薯類、瓜果和蔬菜等，就是間接地為牧場(chǎng)提供牲畜所需的飼料 。
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