首先，從概念上來講，小產權房不是法律上的概念，而是社會實踐長期形成的概念 。其次，小產權房沒有房產證，而商品房有房產證；然后就房屋拆遷而言，商品房被拆遷能夠得到政府的拆遷安置補償，而小產權房不能；并且，小產權房不能辦理登記及抵押，也就沒有抵押等他項權利；而商品房可以進行抵押 。
法律依據
【小產權房和商品房的區(qū)別】《中華人民共和國城市房地產管理法》第二條 在中華人民共和國城市規(guī)劃區(qū)國有土地（以下簡稱國有土地）范圍內取得房地產開發(fā)用地的土地使用權 ， 從事房地產開發(fā)、房地產交易 ， 實施房地產管理，應當遵守本法 。本法所稱房屋 ， 是指土地上的房屋等建筑物及構筑物 。本法所稱房地產開發(fā)，是指在依據本法取得國有土地使用權的土地上進行基礎設施、房屋建設的行為 。本法所稱房地產交易，包括房地產轉讓、房地產抵押和房屋租賃 。

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