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萬能轉(zhuǎn)換：R圖和統(tǒng)計(jì)表轉(zhuǎn)成發(fā)表級(jí)的Word、PPT、Excel、HTML

生活百科萬能


萬能轉(zhuǎn)換：R圖和統(tǒng)計(jì)表轉(zhuǎn)成發(fā)表級(jí)的Word、PPT、Excel、HTML

文章插圖
萬能轉(zhuǎn)換：R圖和統(tǒng)計(jì)表轉(zhuǎn)成發(fā)表級(jí)的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量圖等
R包export可以輕松的將R繪制的圖和統(tǒng)計(jì)表輸出到 Microsoft Office (Word、PowerPoint和Excel)、HTML和Latex中，其質(zhì)量可以直接用于發(fā)表 。
  • 你和PPT高手之間，就只差一個(gè)iSlide
  • Excel改變了你的基因名，30% 相關(guān)Nature文章受影響，NCBI也受波及


特點(diǎn)
  1. 可以用命令將交互式R圖或ggplot2、Lattice或base R圖保存到Microsoft Word、Powerpoint或其他各種位圖或矢量格式 。
  2. 完全可編輯的Powerpoint矢量格式輸出，支持手動(dòng)整理繪圖布局 。
  3. 將統(tǒng)計(jì)分析的輸出保存為Excel、Word、PowerPoint、Latex或HTML文檔的表格形式 。
  4. 自定義R輸出格式 。
安裝export包可以在Windows、Ubuntu和Mac上跨平臺(tái)運(yùn)行 。不過有些Mac發(fā)行版默認(rèn)情況下沒有安裝cairo設(shè)備，需要自行安裝 。如果Mac用戶已安裝XQuartz，這個(gè)問題就解決了，它可以從https://www.xquartz.org/免費(fèi)獲得 。
官方CRAN發(fā)布 （以不能用）install.packages("export")
從 Github 安裝 （推薦

install.packages("officer")install.packages("rvg")install.packages("openxlsx")install.packages("ggplot2")install.packages("flextable")install.packages("xtable")install.packages("rgl")install.packages("stargazer")install.packages("tikzDevice")install.packages("xml2")install.packages("broom")install.packages("devtools")devtools::install_github("tomwenseleers/export")


該包主要包括以下幾種轉(zhuǎn)換
  • graph2bitmap
  • graph2office
  • graph2vector
  • rgl2bitmap 轉(zhuǎn)換3D圖
  • table2office
  • table2spreadsheet
  • table2tex
  • graph2bitmap: 將當(dāng)前R圖保存到bmp文件中
  • graph2png: 將當(dāng)前R圖保存到png文件中
  • graph2tif: 將當(dāng)前R圖保存到TIF文件中
  • graph2jpg: 將當(dāng)前R圖保存為JPEG文件
使用幫助信息如下：
graph2bitmap(x = NULL, file = "Rplot", fun = NULL, type = c("PNG","JPG", "TIF"),aspectr = NULL, width = NULL, height = NULL, dpi = 300,scaling = 100,font =ifelse(Sys.info()["sysname"] == "Windows", "Arial","Helvetica")[[1]], bg = "white", cairo = TRUE,tiffcompression = c("lzw", "rle", "jpeg", "zip", "lzw+p", "zip+p"),jpegquality = 99, ...)
  • aspectr: 期望縱橫比 。如果設(shè)置為空，則使用圖形設(shè)備的縱橫比 。
  • width: 所需寬度(英寸);可以與期望的縱橫比aspectr組合 。
  • height: 所需高度(英寸);可以與期望的縱橫比aspectr組合 。
  • scaling: 按一定比例縮放寬度和高度 。
  • font: PNG和TIFF輸出中標(biāo)簽所需的字體; Windows系統(tǒng)默認(rèn)為Arial，其他系統(tǒng)默認(rèn)為Helvetica 。
  • bg: 所需的背景顏色，例如“白色”或“透明” 。
  • cairo: 邏輯，指定是否使用Cairographics導(dǎo)出 。
  • tiffcompression: 用于TIF文件的壓縮 。
  • jpegquality: JPEG壓縮的質(zhì)量 。
準(zhǔn)備開始安裝完 export包后，先調(diào)用該包
library(export)
用ggplot2繪圖library(ggplot2)library(datasets)
x=qplot(Sepal.Length, Petal.Length, data = https://www.520longzhigu.com/shenghuo/iris,color = Species, size = Petal.Width, alpha = I(0.7))
qplot()的意思是快速作圖，利用它可以很方便的創(chuàng)建各種復(fù)雜的圖形，其他系統(tǒng)需要好幾行代碼才能解決的問題，用qplot只需要一行就能完成 。
使用半透明的顏色可以有效減少圖形元素重疊的現(xiàn)象，要?jiǎng)?chuàng)建半透明的顏色，可以使用alpha圖形屬性，其值從0（完全透明）到1（完全不透明） 。更多ggplot2繪圖見ggplot2高效實(shí)用指南 (可視化腳本、工具、套路、配色) （往期教程更有很多生物信息


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